โรคภูมิคุ้มกันทำลายตนเอง เช่นโรคลูปัส โรคซาร์คอยโดซิสและอื่นๆ ยังสามารถทำให้เกิดกล้ามเนื้อหัวใจอักเสบได้ เนื่องจากระบบภูมิคุ้มกันสามารถโจมตีอวัยวะใดๆ หัวใจอักเสบ ในร่างกาย รวมทั้งหัวใจ ทำให้เกิดการอักเสบได้ ยาหรือการสัมผัสกับสิ่งแวดล้อมหรือสารพิษอื่น ๆ สามารถนำไปสู่โรคกล้ามเนื้อหัวใจอักเสบได้เช่นกัน