ความไม่สอดคล้องกันของประสิทธิภาพของผลิตภัณฑ์เสริมอาหารมักมีสาเหตุมาจากความแปรปรวนของคุณภาพของผลิตภัณฑ์ ผลิตภัณฑ์เสริมอาหารหลายชนิดอาจไม่มีส่วนประกอบเฉพาะในปริมาณที่แน่นอนตามที่กล่าวอ้างบนฉลาก ในบางกรณี ผลิตภัณฑ์เสริมอาหารอาจปลอมปนด้วยยาตามใบสั่งแพทย์หรือปนเปื้อนด้วยโลหะหนักหรือจุลินทรีย์ที่ทำให้เกิดโรค การสำรวจระบุว่าอย่างน้อยร้อยละ 15 ของผลิตภัณฑ์เสริมอาหารสำหรับการเล่นกีฬาอาจปลอมปนด้วยผลิตภัณฑ์ยาสังเคราะห์ ในกรณีเช่นนี้ ความปลอดภัยของ อาหารเสริม จะลดลง การดำเนินการตามแนวทางปฏิบัติที่ดีในการผลิต (cGMPs) ในปัจจุบันสำหรับอุตสาหกรรมผลิตภัณฑ์เสริมอาหารในสหรัฐอเมริกาคาดว่าจะช่วยแก้ไขปัญหาเหล่านี้ได้บางส่วน