ภาวะไทรอยด์ทำงานต่ำเกิดขึ้นเมื่อต่อมไทรอยด์สร้างฮอร์โมนไม่เพียงพอ สภาวะหรือปัญหาที่อาจนำไปสู่ภาวะพร่องไทรอยด์ ได้แก่ โรคแพ้ภูมิตัวเอง สาเหตุที่พบบ่อยที่สุดของ ฮอร์โมนไทรอยด์ ทำงานต่ำคือโรคแพ้ภูมิตัวเองที่เรียกว่าโรคฮาชิโมโตะ โรคภูมิต้านตนเองเกิดขึ้นเมื่อระบบภูมิคุ้มกันสร้างแอนติบอดีที่โจมตีเนื้อเยื่อที่มีสุขภาพดี บางครั้งกระบวนการนั้นเกี่ยวข้องกับต่อมไทรอยด์และส่งผลต่อความสามารถในการสร้างฮอร์โมน